Program Studi Ekonomi Syari’ah dimulai pada tahun akademik 2003/2004 dengan nama Ekonomi Islam. Panitia kecil yang didelegasikan kepada Tim Jurusan Syari’ah dan Ekonomi Islam (dulu Jurusan Syari’ah) yang diketuai Drs. A. Luthfi Hamidi, M.Ag. melakukan riset ke sekolah-sekolah (MAN, SMU dan SMK) tentang persepsi dan ekspektasi jika STAIN Purwokerto membuka Program Studi Ekonomi Syari’ah. Hasil survei menunjukkan persepsi positif. Data tersebut kemudian dijadikan desain dalam rencana pembukaan Program Studi Ekonomi Syari’ah.
Tahun akademik 2004/2005, melalui Surat Keputusan Ketua STAIN Purwokerto No. 181 Tahun 2005, tertanggal 26 Desember 2005, dibentuk Tim Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam yang terdiri dari Drs. A. Luthfi Hamidi, M.Ag. (Kajur), Drs. H. Syufa’at, M.Ag. (Sekjur), Ridwan, M.Ag. (Kaprodi AS), Suraji, M.Ag. (Kaprodi HES), Moh. Bachrul, SH. (Kalab) dan Ahmad Dahlan, M.S.I. (Cados Ekonomi Syari’ah) untuk menyusun Proposal pembukaan Prodi Ekonomi Syari’ah.
Pada tanggal 15 Februari 2005, Proposal Pengajuan Pembukaan Program Studi Baru Ekonomi Syari’ah resmi diajukan kepada Direktur Perguruan Tinggi Agama Islam (Dipertais).
Pada tanggal 28 Juli 2005, Tim yang terdiri Drs. H. Khariri, M.Ag. (Ketua), Drs. M. Roqib, M.Ag. (Puket I), Drs. H. Ansori, M.Ag. (Puket II), Drs. A. Luthfi Hamidi, M.Ag. (Kajur), Ahmad Dahlan, M.S.I. (Dosen Ekonomi Islam) menghadap kepada Direktur Pertais Prof. Dr. Arief Furqon, MA. yang didampingi Kasubdit Akademik untuk segera mengkabulkan Pembukaan Program Studi Manajemen Perbankan Syari’ah di STAIN Purwokerto. Tim pun dianjurkan untuk menghadap kepada Dirjen Prof. Dr. Qodri Azizy, MA. Dengan lobi yang didasarkan pada materi proposal dan kesiapan sumberdaya manusia dan infrastruktur yang dimiliki, maka Jurusan Syari’ah STAIN Purwokerto diizinkan untuk membuka Konsentrasi Manajemen Perbankan Syari’ah (MPS ) dibawah Program Studi Hukum Ekonomi Syari’ah (HES) yang dulu Muamalah sebagai embrio pembukaan Program Studi Ekonomi Syari’ah.
Pada tahun Akademik 2005/2006 Jurusan Syari’ah dan Ekonomi Islam membuka Konsentrasi Manajemen Perbankan Syari’ah (M.P.S.) dibawah Program Studi Hukum Ekonomi Syari’ah. Kebijakan tersebut tertuang dalam SK Ketua STAIN Purwokerto No. Nomor 131 A Tahun 2005.
Sejak Tahun Akademik 2007/2008 Konsentrasi MPS menjadi Program Studi Ekonomi Syari’ah yang dilegalisasi oleh Keputusan Dirjen Pendidikan Islam No. Dj. I/220.C/2007, tanggal 28 Mei 2007 dan ditandatangi oleh Direktur Jenderal Jahja Umar.