1. Melahirkan fakultas, jurusan, dan program studi yang unggul dan mampu bersaing di kawasan Asia Tenggara;
2. Menghasilkan lulusan unggul yang mandiri, kreatif, inovatif, dan profesional di bidang ekonomi Islam, keuangan syariah, dan filantropi Islam berbasis budaya santri;
3. Menghasilkan lulusan yang memiliki keunggulan dalam pengetahuan, hardskill, dan softskill sesuai dengan kebutuhan stakeholders (pengguna lulusan) dan mampu berkompetisi di kawasan Asia Tenggara;
4. Melahirkan sumber daya manusia yang berbudaya santri dan berakhlak Islami serta adaptif terhadap perubahan zaman;
5. Menghasilkan iklim akademik berorientasi internasional yang berkelanjutan dan sinergis dengan perkembangan sistem informasi manajemen berbasis ICT (Information and Communication of Technology);
6. Menjadikan lembaga sebagai pusat penelitian dan pengembangan pada bidang ilmu ekonomi Islam, keuangan syariah, dan manajemen zakat & wakaf yang diakui di kawasan Asia Tenggara;
7. Menjadikan lembaga yang secara berkelanjutan mengembangkan jaringan mitra kerja sama strategis di tingkat nasional dan internasional secara adaptif terhadap perkembangan kebutuhan masyarakat, guna memberikan kontribusi kemanfaatan pada bidang ekonomi dan bisnis Islam; dan
8. Menghasilkan karya ilmiah dalam bidang ilmu ekonomi Islam, keuangan syariah, dan manajemen zakat & wakaf yang diseminarkan dan/atau dipublikasikan pada penerbit bereputasi, baik di tingkat nasional maupun internasional.

Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam merupakan salah satu Fakultas yang dimiliki IAIN Purwokerto, di samping Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Kependidikan, Fakultas Syari’ah, Fakultas Dakwah, dan Fakultas Ushuludin, Adab dan Humaniora. Hal ini terjadi setelah terjadi proses transformasi STAIN Purwokerto menjadi IAIN Purwokerto ditandai dengan diterbitkannya Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 139 Tahun 2014 tanggal 17 Oktober 2014, kemudian seremonial peresmian transformasi institusi tanggal 19 Desember 2014 diresmikan oleh Presiden Jokowi di Istana Negara Jakarta dilanjutkan dengan Launching IAIN Purwokerto dihadiri Menteri Agama Republik Indonesia H. Lukman Hakim Saifuddin pada tanggal 26 Mei 2015 dibuktikan dengan penandatanganan prasasti peresmian gedung rektorat IAIN Purwokerto sebagai lambang pusat tata kelola institusi.

Seiring dengan peralihan status tersebut, ditetapkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia nomor 3 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Purwokerto. Pada proses transformasi ini IAIN Purwokerto terdapat lima fakultas penyangga institusi yaitu Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Kependidikan, Fakultas Dakwah, Fakultas Syariah, Fakultas Ushuludin, Adab dan Humaniora, serta Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam.

Pada saat itu, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam memiliki 2 (dua) jurusan Strata Satu (S-1) yaitu Jurusan Ekonomi Syari’ah dan Perbankan Syari’ah serta 1 (satu) program Diploma Tiga (D-III) yaitu program Manajemen Perbankan Syari’ah.

IAIN Purwokerto kemudian bertansformasi menjadi Universitas Islam Negeri Prof. K.H. Saifuddin Zuhri (UIN SAIZU) Purwokerto pada tahun 2021 berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 41 Tahun 2021 tanggal 11 Mei 2021. Seiring dengan transformasi tersebut, ditetapkan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 25 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN SAIZU Purwokerto sehingga susunan struktur organisasi FEBI UIN SAIZU berubah menyesuaikan nomenklatur yang ada

Saat ini, FEBI UIN SAIZU memiliki 1 (satu) Jurusan yaitu Ekonomi dan Keuangan Syariah dengan 3 (tiga) Program Studi yaitu S-1 Ekonomi Syariah, S-1 Perbankan Syariah, dan S-1 Manajemen Zakat dan Wakaf.

Lambang Universitas sebagaimana dimaksud memiliki 8 (delapan) unsur pokok pembentukannya dengan makna sebagai berikut :

1. Buku yang terbuka, melambangkan keilmuan yang istiqamah dan pengamalannya melalui Universitas Islam Negeri Prof. K.H. Saifuddin Zuhri; karenanya atas dasar keilmuan yang istiqamah inilah ditegakkannya huruf UIN.
2. Huruf tulisan UIN, sebagai tempat dan pondasi bagi proses pendidikan, sehingga tumbuh-kembang keilmuan dan keamalannya yang dilambangkan dengan gunungan kehidupan, meluas.
3. Gunungan, yang dibentuk dari dua Kudi (senjata khas Banyumas) kanan dan kiri, lambang keseimbangan ajang kehidupan manusia di dunia, berperan profetik dalam hablum minannas sekaligus hablum minallaah sehingga terbangun pribadi (khudi) mukmin; citraan Gunungan ini menyerupai bunga teratai sebagai lambang dari pendidikan budi pekerti Ki Hajar Dewantara dengan tiga pilarnya, ing ngarsa sung tulada, ing madya mangun karsa, tutwuri handayani; citraan gunungan ini juga menyerupai kubah masjid sebagai representasi dari masjid,  pusat kehidupan berbudaya dan beragama umat Islam. Dalam simbol gunungan tergambar metafor kata Alloh yang mengandung makna bahwa UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri selalu mengharapkan  ridlo Alloh, sekaligus mejadi tujuan semua bentuk pengabdian. Di dalam gunungan juga dapat dibaca dalam metofor lillah sebagai simbol adanya gerak ikhlas (lillahi, semata karena Alloh SWT). Gunungan dalam realitas-empiriknya sebagai simbolisasi dari  gunung.  Dalam konteks UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri, gunung yang dimaksud adalah gunung Slamet yang berada di sebelah utara kota Purwokerto. Secara geografis, kaki gunung Slamet berada di beberapa kabupaten di wilayah Banyumas Raya sebagai simbol pengikat sosio-kultural-geografis kawasan penginyongan. Gunung Slamet dengan berbagai sumber daya yang ada menjadi simbolisasi integrasi keilmuan “Jabalul Hikmah”.
4. Sayap Kanan, terdiri dari 3 akar bulu melambangkan Islam, Iman, Ihsan; dan 5 helai bulu melambangkan pengamalan Rukun Islam. Sayap Kiri, terdiri dari 3 akar bulu melambangkan dzikir/iman, fikir/ilmu, dan amal sholih/akhlak. Dzikir sebagai aktifitas penguatan spiritualitas; fikir sebagai aktifitas intelektual-ilmiah-akademik; dan amal shalih sebagai spirit produktifitas berkarya prestatif; dan 5 helai bulu melambangkan pengamalan Pancasila dalam hidup berbangsa dan bernegara di Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI). Sayap kanan dan kiri sebagai kesatuan. Kedua sayap terbuka dan mengepak dengan penuh kekuatan melambangkan bahwa UIN SAIZU akan terus  terbang mengangkasa, selalu menjaga spirit untuk berkembang dan raih prestasi sehingga unggul dan mendunia.
5. Bulatan Hitam di tengah Gunungan yaitu magma melambangkan gerak kehidupan profetik tiada akhir (rahmatan lil ‘alamiin), yang mengintegrasikan semua unsur pendukungnya tersebut demi Pribadi Mukmin mengabdi kepada Allah SWT melalui shalat. Magma sebagai simbol gerak profetik tanpa henti (continuous improvement) yang sesekali mengeluarkan letupan merupakan desain Allah membangun kesimbangan bumi. Di samping itu letupan-letupan yang bersumber dari magma memberikan manfaat kesuburan. Simbol bulat menggambarkan kebulatan niat dan tekad. Satu titik di tengah bermakna titik fokus, arah yang jelas. Simbol magma bulat yang menggambarkan gerak apapun harus dengan tekad yang bulat menuju keridlaan Alloh dan lillah.
6. Lingkaran besar yang melingkari seluruh simbol, menggambarkan adanya kesatuan, keutuhan, dan kebersamaan dalam satu komitmen yang bulat untuk mencapai visi, misi, dan tujuan universitas.
7. K.H. Saifuddin Zuhri sebagai nama Universitas. Nama Prof. K.H. Saifuddin Zuhri dipilih sebagai nama Universitas dengan pertimbangan: a) ulama dan tokoh nasional putra asli daerah Banyumas (kelahiran Sokaraja); b) salah satu inisiator berdirinya Fakultas Tarbiyah Al-Djami’ah Sunan Kalijaga Purwokerto sebagai embrio awal lahirnya Universitas; c) Menteri Agama RI yang menandatangani piagam penegerian Fakultas Tarbiyah Al-Djami’ah Sunan Kalijaga Purwokerto menjadi bagian dari Institut Agama Islam Al-Djami’ah Al-Islamiyyah Al-Hukumiyah Yogyakarta.
8. Citraan Orang yang Sedang Bersujud, bersajadah buku menghadap ke depan merupakan gambaran utuh dari imajinasi kita ketika menyaksikan panorama dari semua unsur tersebut sebagai satu kesatuan; sekaligus menggambarkan adanya ketundukan dan ketaatan kepada sang pencipta melalui totalitas pengabdian kepada Allah SWT.
9.  

Warna lambang Universitas terdiri dari:

1. Putih, menggambarkan kebersihan, kesucian, kebebasan, suasana tenang, jernih.
2. Hijau, menggambarkan kesuburan, kedamaian, keseimbangan.
3. Hitam, menggambarkan sikap elegan, kesederhanaan, keteguhan, ketenangan, keanggunan, dan perlindungan.
4. Emas, berarti keunggulan, kualitas, prestasi, kesuksesan, kemenangan, kesejahteraan

Bendera Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna Merah Muda (pink) yang melambangkan Keakraban, Keceriaan, dan Familier dengan lambang UIN di tengahnya dan tulisan “Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam” di bawah lambang tersebut.

1. Berwarna Merah Muda (pink) melambangkan Keakraban, Keceriaan, dan Familier
2. Berbentuk segi empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya.
3. Di tengah terdapat lambang UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri.
4. Di bawah lambang terdapat tulisan “Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam” dengan warna putih.