Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam merupakan salah satu Fakultas yang dimiliki IAIN Purwokerto, di samping Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Kependidikan, Fakultas Syari’ah, Fakultas Dakwah, dan Fakultas Ushuludin, Adab dan Humaniora. Hal ini terjadi setelah terjadi proses transformasi STAIN Purwokerto menjadi IAIN Purwokerto ditandai dengan diterbitkannya Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 139 Tahun 2014 tanggal 17 Oktober 2014, kemudian seremonial peresmian transformasi institusi tanggal 19 Desember 2014 diresmikan oleh Presiden Jokowi di Istana Negara Jakarta dilanjutkan dengan Launching IAIN Purwokerto dihadiri Menteri Agama Republik Indonesia H. Lukman Hakim Saifuddin pada tanggal 26 Mei 2015 dibuktikan dengan penandatanganan prasasti peresmian gedung rektorat IAIN Purwokerto sebagai lambang pusat tata kelola institusi.

Seiring dengan peralihan status tersebut, ditetapkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia nomor 3 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Purwokerto. Pada proses transformasi ini IAIN Purwokerto terdapat lima fakultas penyangga institusi yaitu Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Kependidikan, Fakultas Dakwah, Fakultas Syariah, Fakultas Ushuludin, Adab dan Humaniora, serta Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam.

Pada saat itu, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam memiliki 2 (dua) jurusan Strata Satu (S-1) yaitu Jurusan Ekonomi Syari’ah dan Perbankan Syari’ah serta 1 (satu) program Diploma Tiga (D-III) yaitu program Manajemen Perbankan Syari’ah.

IAIN Purwokerto kemudian bertansformasi menjadi Universitas Islam Negeri Prof. K.H. Saifuddin Zuhri (UIN SAIZU) Purwokerto pada tahun 2021 berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 41 Tahun 2021 tanggal 11 Mei 2021. Seiring dengan transformasi tersebut, ditetapkan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 25 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN SAIZU Purwokerto sehingga susunan struktur organisasi FEBI UIN SAIZU berubah menyesuaikan nomenklatur yang ada

Saat ini, FEBI UIN SAIZU memiliki 1 (satu) Jurusan yaitu Ekonomi dan Keuangan Syariah dengan 3 (tiga) Program Studi yaitu S-1 Ekonomi Syariah, S-1 Perbankan Syariah, dan S-1 Manajemen Zakat dan Wakaf.